Zur echten Religionsfreiheit gehört idealerweise auch eine Trennung von Staat einerseits und Religion sowie Religionsgemeinschaften andererseits, die freilich nicht von Religionsfeindlichkeit geprägt sein darf. Dies gilt um so mehr in einer multikulturellen Gesellschaft, in der zahlreiche Religionsgemeinschaften und Weltanschauungen vertreten sind.

Leider hat es Deutschland bisher nicht geschafft, diese Trennung zu verwirklichen - es blieb bisher bei einer weltanschaulichen Neutralität des Staates, der zugleich dem Religiösen aufgeschlossen gegenüber steht, solange es gewisse Grenzen anerkennt (keine Missionierung, kein Proselytismus, Religion als Privatsache usw.) und statt dessen politisch-korrekte Toleranz und einen entsprechenden Dialog fördert.

Der Exekutivauschuß als Leitungsorgan der Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa, der 104 lutherische, reformierte, unierte, hussitische und methodistische Kirchen angehören, hat im Rahmen seiner Tagung vom 6. bis 8. April 2006 in Budapest in einem einstimmigen Beschluß unter dem Titel "Nicht mit Gewalt, sondern allein mit dem Wort für die Wahrheit streiten" Position zum Thema Religions- und Meinungsfreiheit bezogen. 

In dem Beschluß werden "die Freiheit der Meinungsäußerung einschließlich der Freiheit der Medien und der Kunst ist wie die Gedanken-, Gewissens- und Religionsfreiheit" als "ein Kernelement der menschlichen Wertegemeinschaft" herausgestellt. Für die Kirchen bestünde die Verantwortung, "für die Meinungsfreiheit einzutreten".

Die Juristen-Fachgruppe der Akademiker-SMD fordert, das geplante Antidiskriminierungsgesetz auch auf das allgemeine Zivilrecht auszudehnen. Es müsse zudem auch vor Benachteiligungen wegen Religion schützen.

Baden-Württemberg führt 2006 Gesinnungsprüfung für Muslime ein, die sich einbürgern lassen wollen - Generalverdacht gegen Muslime, sich nicht tatsächlich zur demokratischen Grundordnung zu bekennen

Wie die evangelische Nachrichtenagentur idea im November 2005 berichtete, sollen die USA einem pakistanischen Häftling im US-Gefangenenlager Guantanamo auf Kuba eine Bibel verweigern.